Thâm Thù Phải Trả xoay quanh cuộc đời của 3 kiếm khách: Deok Gi (Lee Byung Hun), Seol Rang (Jeon Do Yeon) và Jon Gul. 3 người sát cánh bên nhau trong cuộc chiến vì tự do và công lý, nhưng khi giấc mơ sắp thành hiện thực thì Deok Gi lại trở mặt phản bội, dẫn đến cái chết thương tâm của Jon Gul. Cũng từ đây, Deok Gi và Seol Rang chuyển bạn thành thù, Seol Rang mang theo đứa con mồ côi của Jon Gul rời đi và nuôi mộng báo thù Deok Gi.
Đứa trẻ được Seol Rang mang theo này lớn lên với sự kèm cặp của Seol Rang nhưng lại không chú tâm vào việc báo thù, cho đến khi tình cờ tham gia một cuộc đấu kiếm do Deok Gi tổ chức. Khi nhìn thấy đứa trẻ tên Seol Hee ấy, Deok Gi đã nhận ra kiếm pháp quen thuộc của Seol Rang, người ông từng yêu. Cũng từ đây, Seol Hee mới bắt đầu hiểu được mối thù của cha khi xưa, và con đường báo thù của cô gái trẻ đã bắt đầu.
